Tout commence lorsque 2 personnes parcourent des ruines et trouvent des femmes enfermées dans des boules d’eau. Appelées Sekirei, elles sont au nombre de 108 et possèdent chacune un pouvoir différent ! La personne au pouvoir du MBI, une multinationale, décide d’en faire un jeu, le but étant qu’il ne reste plus qu’une Sekirei à la fin…

En 2020 au Japon, Sahashi Minato, étudiant de 19 ans, rate pour le seconde fois son examen d’entrée à l’université (ça ne vous rappelle pas un certain Keitaro Urashima ?). En rentrant chez lui, Minato se fait percuter par Musubi, qui est poursuivie par 2 inconnues.

Musubi est une Sekirei qui recherche son « Ashikabi« , quelqu’un qui deviendra son maître. Minato se retrouve donc entraîner à son insu par cette demoiselle aux formes plus que généreuses dans une aventure hors du commun !